Фамилия Мигир — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение вызывает споры, и в этом её главная особенность: она может быть как исконно славянской, но с нестандартным корнем, так и заимствованной из тюркских или финно-угорских языков. Суффикса -ир в русских фамилиях почти нет, поэтому основа здесь — главный ключ.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским именем или прозвищем. В языках Поволжья и Кавказа слово «мигир» (или «микир») могло означать «маленький», «кроткий», «слабый» — либо как личное имя, либо как характеристика человека. В таком случае фамилия образовалась напрямую от прозвища без типичного русского суффикса: на юге и востоке России нередко фиксировали пришлых людей по их звучащей основе, не переделывая её в «Мигиров» или «Мигирин». Это мог быть переселенец из татарской, башкирской или чувашской среды, чьё прозвище записали как есть.

Альтернативная гипотеза — происхождение от прозвища, данного по ремеслу или занятию. В некоторых говорах «мигирь» — диалектный вариант слова «мигарь», то есть мигающий, подслеповатый человек. Но эта версия слабее: слово не встречается в авторитетных словарях русских говоров. Если бы фамилия была славянской по корню, логичнее было бы ожидать форму «Мигарев» или «Мигаров» — от глагола «мигать».

Географически фамилия Мигир встречается точечно, преимущественно в Краснодарском крае, Ростовской области и на юге Украины — в зоне активных контактов с тюркским населением. В центральных и северных регионах России она практически отсутствует. Это косвенно подтверждает её южное или восточное происхождение.

В отличие от массовых фамилий на -ов, Мигир не даёт подсказки о сословии предка: по такой модели записывали и крестьян, и казаков, и мещан. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель фамилии почти наверняка происходил из среды, где русский язык соседствовал с тюркским, а имя или прозвище закрепилось в документах без русификации.