Фамилия Мигулин происходит от личного прозвища Мигуля, которое в основе своей восходит к глаголу «мигать», то есть «моргать». Чаще всего такое прозвище давали человеку с живым, подвижным лицом, который часто моргал или щурился. Впрочем, в тверских говорах существовал и глагол «мигалить» — «хлопать глазами, зевать», поэтому Мигулей могли назвать и рассеянного, медлительного человека, который смотрел по сторонам, не сосредоточившись на деле.

Существует и менее очевидная версия, уводящая нас в украинский язык. Там слово «мигушка» означало «зарница, молния». Если следовать этой гипотезе, прозвище Мигуля могло закрепиться за человеком, родившимся в грозу, или же за тем, чей характер напоминал вспышку — быстрый, яркий, вспыльчивый. Такая трактовка встречается реже, но она объясняет, почему прозвище могли дать не за привычку моргать, а за внешность или нрав.

Сама фамилия образовалась по стандартной для русских фамилий модели: к основе Мигуля добавили притяжательный суффикс -ин, который указывал на принадлежность. Первоначально Мигулин означал «сын Мигули», «тот, кто из семьи Мигули». Со временем эта форма закрепилась как наследственное родовое имя и перестала зависеть от личных качеств конкретного человека.

Любопытно, что фамилия не получила широкого распространения, что типично для прозвищ, образованных от диалектных или разговорных слов. Она сохранилась в основном в центральных и северных регионах России, где бытовали соответствующие говоры. Родственные фамилии — Мигалов, Мигунов, Мигачев — тоже происходят от тех же корней, но каждый из них закрепился в своей местности и оброс собственными оттенками значения.