Фамилия Михалкин восходит к крестильному мужскому имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». Это имя считается довольно распространённым на Руси и имеет несколько уменьшительных вариантов: Миша, Миха, Михал, Михалко. Очевидно, от последнего и происходит фамилия Михалкин.