Фамилия Михалкович напрямую рассказывает об имени предка: её основа — Михалко, уменьшительная форма древнего крестильного имени Михал, которое, в свою очередь, является народным вариантом канонического Михаил. В переводе с древнееврейского это имя означает «подобный Богу». Отчество от формы Михалко и закрепилось в качестве фамилии, что типично для восточнославянской традиции, особенно на белорусских и украинских землях, где суффикс -ович встречается гораздо чаще, чем в великорусских областях.

Имя Михаил в старину было повсеместно распространено, потому что часто встречалось в святцах: в истории русского православия известно около двадцати святых покровителей этого имени. Главный среди них — архангел Михаил, предводитель небесного воинства, которого на иконах пишут с тростью-копьём в одной руке и зеркальной сферой — символом предвидения — в другой. Такая популярность имени породила множество производных форм: Михал, Михалко, Михайло, Миша — и каждая из них дала жизнь целому гнезду фамилий. Михалковичи стоят в одном ряду с Михайловыми, Михалёвыми и Михалкиными, но отличаются архаичным отчественным суффиксом, который указывает на более раннее и, возможно, более западное происхождение рода.

Историческая хроника сохранила одного из первых известных носителей этой фамилии — Твердислава Михалковича, новгородского посадника начала XIII века. В 1214 году, во время похода новгородского войска на Всеволода Чермного к Киеву, он примирил князя Мстислава Мстиславича Удалого с новгородцами. А в 1220 году, после ссоры с князем Всеволодом Мстиславичем, Твердислав Михалкович отказался от посадничества и ушёл в монастырь. Этот эпизод показывает, что фамилия (или отчество, ставшее ею) бытовала в Новгороде уже в домонгольскую эпоху, хотя окончательно закрепилась как наследственная гораздо позже.

Особый интерес представляет география фамилии в XX веке. В архивах белорусского общества «Мемориал» записаны сведения о Михалкович Адаме Моисеевиче, родившемся в 1899 году в деревне Смоличи Копыльского района Минской области, и Михалкович Алексее Николаевиче, рождённом в 1907 году в деревне Березники Ленинского района Пинской области. Обе записи — из Минской области, что подтверждает: фамилия прочно осела в центральной Беларуси. Смоличи и Березники — небольшие сёла, где семьи жили поколениями, поэтому можно предположить, что корни многих современных Михалковичей уходят именно в эти места.