Фамилия Миханков — одна из тех, где суффикс -ов указывает на происхождение от личного имени, но не от привычного всем Михаил. Основа здесь — Михан, а это уменьшительная форма от имени Михаил, причём с характерным для северо-западных и псковских говоров окончанием на -ан. Если бы фамилия образовывалась от стандартного Миша или Михей, мы бы получили Мишин или Михеев. Суффикс -ан в имени Михан — признак простонародной, диалектной речи: так крестьяне или жители окраинных земель могли звать человека неофициально, без церковной строгости.

В ономастике есть и другая, менее вероятная версия: что Миханков восходит к прозвищу Михан, которое могло означать «тот, кто мычит» или «медлительный человек» (от глагола «мычать»). Но здесь больше логики в имени: фамилия Миханков стоит в одном ряду с Ивашков, Петранков, Степанков — все они образованы от разговорных вариантов крестильных имён. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит такие формы к числу типичных для восточнославянской модели, где суффикс -ков присоединялся к основе, оканчивающейся на согласный.

Географически фамилия Миханков встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Это косвенно подтверждает, что предки носителей фамилии были крестьянами из северных губерний, где диалектные формы имён держались дольше, чем в столицах. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии редко фиксировались в дворянских списках, так что Миханковы, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века фамилия писалась через «о» — Михонков, что отражает акающее произношение (Михан → Михон). Эта вариантность не меняет смысла, но показывает, как живая речь влияла на письменную фиксацию. Если ваш предок записан как Михонков, это та же фамилия, просто в более «народном» написании.