Фамилия Михайлют — редкий случай в русском ономастиконе, потому что её суффикс -ют почти не встречается в фамилиях великорусского происхождения. Обычно фамилии на -ют (как Михайлюк, Михайлюта) характерны для украинской и белорусской традиции, где этот суффикс указывает на уменьшительно-ласкательную форму имени или на происхождение по отцу. В русском языке такие модели приживались редко, и Михайлют — скорее исключение, занесённое в северные или западные регионы России через миграцию.

Основа фамилии — каноническое имя Михаил, которое пришло на Русь вместе с крещением и означает «кто как Бог». Суффикс -ют в данном случае — не просто уменьшительный, а указывающий на «сына Михайлы» или «маленького Михаила». То есть Михайлют — это «Михайлёнок», «Михайлов сын». Такая модель словообразования (основа + -ют) в русском языке почти не дала фамилий, зато в украинском и польском она продуктивна: ср. Михайлюк, Михайляк, Михайлюта.

Вероятнее всего, фамилия Михайлют — украинского или белорусского корня, но в силу исторических причин (переселения крестьян, служба в пограничных землях) она могла закрепиться на территории современной России. Встречается она крайне редко — в основном в Смоленской, Брянской областях и на юге Псковщины, где веками соседствовали русские и белорусские говоры.

Интересно, что у фамилии нет варианта с окончанием -ов или -ев, что подтверждает её южное происхождение: в украинской традиции фамилии часто оставались без патронимического суффикса (как Михайлют, а не Михайлютов). Если бы фамилия образовалась в центральной России, её бы «обрусили» до Михайлютов или Михайлютин.

Есть и другая, менее вероятная версия: что фамилия произошла не от имени, а от прозвища Михайлют — так могли называть человека, который подражал святому Михаилу или был на него похож внешне. Но ономастика обычно склоняется к патронимическому объяснению, и для Михайлют оно самое логичное: фамилия прямо говорит, чей ты сын.