Фамилия Михонкин образована от имени Михоня. Это разговорная, обиходная форма крестильного имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «кто как Бог». Уменьшительно-ласкательные варианты вроде Михоня, Миханя, Михей были широко распространены в крестьянской и мещанской среде: полное имя в быту звучало слишком официально, и его заменяли домашними производными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Михонкин буквально значило «сын Михони» или «человек из семьи Михони». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков людей с именами на твёрдый согласный, -ин — не менее древний и распространённый патронимический суффикс.

Любопытно, что Михонкин — фамилия относительно редкая, сконцентрированная в основном в центральных и северных регионах России. Встречается в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Это косвенно подтверждает, что предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми, жившими вдали от столиц, где фамилии закреплялись позже и дольше сохраняли живую связь с местными диалектными формами имени.

Иногда Михонкина путают с фамилией Михонкин, считая её вариантом от Михоня — уменьшительного от имени Михаил. Однако есть и версия, что основой могло стать прозвище Михоня, данное человеку с какой-то особой чертой, но документальных подтверждений этому нет. В любом случае, корень один — от имени Михаил, и фамилия входит в обширное гнездо «Михайловских» производных: Михайлов, Михеев, Мишин, Михалёв и собственно Михонкин.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксировалась с разным написанием: Михонкин, Михонькин, изредка Миханкин. Такая вариативность типична для фамилий, записанных со слов крестьян, не владевших грамотой: писарь передавал звучание на слух, а единого стандарта не существовало. Современное написание закрепилось в советское время при паспортизации.