Фамилия Миличенко звучит как типичная украинская фамилия, и это верное первое впечатление. Её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине как главный показатель патронимической фамилии — то есть фамилии, образованной от имени или прозвища отца.

Основа фамилии — Милик. Это не полное имя, а уменьшительная форма от крестильного имени Емилиан (в просторечии — Емельян, Омельян). В украинской народной традиции имя Емельян сокращали до Милько, Милик, Миля. Корень тот же, что и в фамилиях Миленко, Мильченко, Емельяненко. Чередование «л» и «ль» в суффиксе — обычное дело для живой речи: твердый вариант Милик встречается реже мягкого Милько, но оба закономерны.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишенная оснований. В украинских говорах слово «милик» могло быть прозвищем, связанным с прилагательным «милий» — то есть приятный, любезный, дорогой. В таком случае фамилия образована не от имени, а от прозвища, которое дали человеку за мягкий нрав или внешнюю привлекательность. Однако в ономастике принято сначала искать связь с каноническим именем, а прозвищную версию рассматривать как вторичную.

Географически фамилия Миличенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В России она встречается реже, преимущественно у потомков переселенцев с Украины в XIX–XX веках. В документах XVIII века, например, в ревизских сказках Гетманщины, можно встретить казаков и посполитых крестьян с фамилией Миличенко — это указывает на то, что предки носителя фамилии не принадлежали к высшим сословиям, а были либо реестровыми казаками, либо крестьянами, получившими фамилию по отцу.

Таким образом, Миличенко — это «сын Милика», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным именем от Емельяна.