Основой фамилии Миленко послужило мирское имя Милый. Скорее всего, фамилия Миленко имеет в своей основе имя, которое происходит от слова «милый», то есть «дорогой, желанный, привлекательный, хорошенький, нежный, кроткий». Также не исключено, что фамилия Миленко ведет свое начало от прозвища Милый, которое мог получить человек с кротким нравом, добродушный и незлобивый. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милый, со временем получил фамилию Миленко.