Фамилия Миликеева — редкий случай, когда основа явно тюркская, а суффикс — русский, но при этом фамилия женская по форме. В современном виде она стоит в женском роде (Миликеева отвечает на вопрос «чья?»), а её мужской вариант — Миликеев. Это сразу подсказывает модель: фамилию образовали с помощью патронимического суффикса -ев от личного имени или прозвища Миликей.

Корень здесь — тюркское имя Милик, которое восходит к арабскому «малик» (владыка, царь) или к тюркскому «милик» (вождь, предводитель). Форма Миликей — это русифицированный вариант с добавлением окончания -ей, типичного для адаптации восточных имён в русской среде (сравните: Ахмет — Ахметей, Сабир — Сабирей). То есть Миликеевы — потомки человека, которого в документах записали как Миликей, а в быту, скорее всего, звали просто Миликом или Милей.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русское население долго и плотно контактировало с тюркскими народами: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Особенно часто такие фамилии встречаются среди бывших крестьян и однодворцев, которые в XVII–XIX веках получали фамилии по имени отца, записанному в метриках. Сословной элиты здесь нет — Миликеевы, скорее всего, выходцы из крестьянской или мещанской среды, где имя Миликей не было редкостью среди татар, башкир или чувашей, принявших православие.

Интересная деталь: фамилия могла возникнуть и от прозвища Милика, но с тем же корнем. В некоторых говорах «милика» — искажённое «милостивый» или «милый», но эта версия слабее: слишком много тюркских параллелей, и арабский корень «малик» даёт чёткую семантику власти. Так что, если вы Миликеева, ваш предок, вероятно, носил имя, означающее «царёк» или «князёк», — не по знатности, а по уважению или просто по традиции называть детей громкими именами.