Фамилия Милкови — редкий случай, когда географический маркер почти наверняка перевешивает все остальные версии. С первого взгляда она кажется типичной славянской фамилией на -ович, но именно суффикс и финаль «-и» выдают её южнославянское, точнее сербское или болгарское, происхождение.

Основа фамилии — личное имя Милко. В сербском, болгарском и македонском языках это уменьшительно-ласкательная форма от имён Милан, Милен, Милослав, Миломир. Корень «мил» везде означает «милый», «любимый». Суффикс «-ко» в южнославянской традиции — один из самых распространённых способов образования имён (сравните: Славко, Радко, Драганко). Таким образом, Милко — это «милый человек», «любимец».

Окончание «-и» в данном случае — это не русский падеж, а южнославянский притяжательный суффикс, который превращает имя отца в фамилию сына. Милкови буквально означает «сын Милка», «из рода Милка». В русском языке такой модели нет: мы бы сказали «Милков», сербы же говорят «Милкови». Поэтому фамилия Милкови — почти стопроцентный указатель на то, что предки носителя происходят с Балкан, скорее всего из Сербии, Черногории, Боснии или Болгарии.

В русском контексте фамилия Милкови могла появиться двумя путями. Первый — через миграцию: выходцы с Балкан, часто военные или торговые люди, оседали в Российской империи, особенно в Новороссии и на Кубани. Второй путь — искусственное изменение фамилии в документах XIX века, когда писарь мог записать сербскую фамилию Милкович без конечного «ч», что для южнославянских фамилий не редкость, или даже «обрусить» её, убрав окончание, но путаница с написанием сохранила исходную форму.

Встречается фамилия и среди болгар, но у них более типична форма Милков. Вариант Милкови чаще фиксируется у сербов и хорватов. Ошибочно связывать её с русским словом «милка» в значении «возлюбленная» — это народная этимология, не имеющая отношения к реальной истории фамилии. Перед нами типичная балканская патронимическая фамилия, которая прямо говорит о родовом имени предка, и её редкость в России объясняется именно нерусским происхождением.