Фамилия Миллякова — женская форма фамилии Милляков, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В центре внимания оказывается основа «Милляк», которая может быть как производной от личного имени, так и от прозвища.

Самый вероятный путь образования — от имени или прозвища Милляк. Это слово могло возникнуть от тюркского корня «мил» (или «миль»), что в ряде тюркских языков означает «народ», «племя» или «страна». В таком случае Милляком называли человека, принадлежавшего к определённой этнической группе, или пришлого из другой земли. Не исключено, что прозвище давали по внешности или характеру: в некоторых диалектах «милый» звучало как «миля», и Милляк — это человек, которого считали приятным, добрым, «миляком».

Модель образования проста: к основе «Милляк» добавили патронимический суффикс -ов, что типично для русских фамилий XVI–XVII веков. Фамилия Милляков, а значит и Миллякова, закрепилась в среде служилых людей и крестьян на юге и востоке России, где тюркское влияние было сильным. Встречается она в Поволжье и Приуралье, особенно среди татарских и башкирских родов, перешедших в православие, или у русских, живших в тесном контакте с тюркскими народами.

Отдельного внимания заслуживает редкий суффикс -як в основе. Он характерен для прозвищ, образованных от прилагательных (сравните: добряк, здоровяк). Здесь он мог придать слову «милый» оттенок ласкательности или, наоборот, иронии — «миляк» как «тот, кто всем мил» или «тот, кто старается быть милым». В отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, Милляков выделяется именно этим нестандартным суффиксом, что делает её относительно редкой.

В итоге, предки носительницы фамилии Миллякова, скорее всего, были людьми, связанными с тюркской средой, и получили прозвище либо по этническому признаку, либо за мягкий, приветливый нрав. Никаких документальных подтверждений о дворянском происхождении этой фамилии нет — она остаётся в основном крестьянской и мещанской, что не делает её историю менее интересной.