Фамилия Минкеев — редкий пример, где за привычным русским суффиксом -ев скрывается нерусская, скорее всего тюркская или финно-угорская основа. Если отбросить окончание, остаётся корень Минкей. Такое имя или прозвище могло попасть в русскую среду двумя путями, и оба ведут к одному смысловому центру — к человеку, которого выделяли за какую-то особенность.

Самая вероятная версия: Минкей — это русифицированная форма тюркского имени Минке (или Минкай). В тюркских языках корень «мин» означает «тысяча» или «родинка, знак». Имя «Минке» могло даваться ребёнку, родившемуся с заметной родинкой — такая примета считалась счастливой. Либо, в более широком смысле, это уменьшительное от имени, содержащего компонент «мин» (например, Мингали, Миннулла). В пользу этой версии говорит то, что фамилии на -кеев (-кей + -ев) типичны для татар, башкир и других народов Поволжья.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает Минкеева с финно-угорскими языками, например с коми или удмуртским. Там слово «мин» или «минь» могло означать «мелкий», «низкорослый» или быть частью личного имени. В этом случае Минкей — прозвище невысокого или молодого человека, которое затем закрепилось как фамилия.

Суффикс -ев, а не -ин, указывает, что основа оканчивалась на согласный или йот (Минкей → Минкеев). По русской модели такие фамилии фиксировали принадлежность: «чей сын?» — Минкеев. Сословный состав носителей, скорее всего, был смешанным: среди крестьян и мещан центральной России и Приуралья. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не прослеживается — это не аристократическая, а народная фамилия.

Географически Минкеевы чаще встречаются в Татарстане, Башкортостане, а также в Кировской и Оренбургской областях — там, где веками шло русско-тюркское взаимодействие. В дореволюционных переписях фамилия попадается редко, что говорит о её локальном бытовании и небольшой численности рода.