Фамилия Минкенова — женская форма, мужской вариант — Минкенов. В основе лежит, скорее всего, тюркское мужское имя Минкен. Это имя образовано от числительного «мин» (тысяча) и уменьшительно-ласкательного суффикса -кен. В тюркской ономастике имена с компонентом «тысяча» (Минбай, Минкай, Минкен) давали как пожелание долгой жизни и многочисленного потомства: «будь как тысяча», «живи тысячу лет». Имя Минкен, таким образом, означает «маленькая тысяча» или «тысячный» — ласковое, обережное имя.

Фамилия имеет отчетливую географическую привязку. Она распространена у башкир, татар и казахов. У башкир фамилии на -ов/-ев — обычное явление, результат русификации патронимов в XIX–XX веках. У казахов фамилия Минкенов встречается реже и могла возникнуть позже, в советский период. В русском контексте фамилия однозначно воспринимается как нерусская, с характерным для Поволжья и Урала тюркским корнем.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «сын Минкена». Модель образования стандартная для русской системы фамилий, наложенная на иноязычную основу. Если бы фамилия сохранилась в исконном виде, она звучала бы как Минкен (у казахов) или Минкенов (у башкир и татар уже в русифицированной форме).

Однокоренные фамилии — Минкин, Минкеев, Мингазов, Минбаев. Все они восходят к тому же корню «мин» (тысяча) и различаются лишь суффиксами. Фамилия Минкенова стоит в этом ряду особняком благодаря редкому суффиксу -кен, который придаёт основе ласкательный, «домашний» оттенок.