Фамилия Миркушин является фонетическим вариантом фамилии Меркушин, которая восходит к древнеримскому богу, покровителю торговли, Меркурию, изображаемому с крылышками на ногах. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Меркуша, со временем получил фамилию Миркушин.