Фамилия Миркушин — это не самостоятельное имя, а фонетический вариант фамилии Меркушин. В основе обеих лежит древнеримское имя Меркурий, которое носил бог — покровитель торговли и путешественников, изображавшийся с крылышками на сандалиях. В русской народной среде это громкое имя быстро приобрело обиходные, уменьшительные формы: Меркуша, Меркушка. Потомок человека по имени Меркуша со временем и получил фамилию Миркушин.

Почему произошла замена «е» на «и»? Это типичное для русских говоров явление, когда безударная «е» редуцируется и звучит как нечто среднее между «и» и «е». На письме такое произношение часто закреплялось, особенно в документах, которые писали писцы «на слух». Поэтому Миркушин и Меркушин — это одна фамилия, разошедшаяся в написании, а не две разные.

Интересно, что имя Меркурий в древности было не только языческим. В христианстве почитаются святые с этим именем, например, великомученик Меркурий Кесарийский, живший в III веке. Это делало имя допустимым для крещения, хотя и редким. Чаще его давали в простых, крестьянских и посадских семьях, где любили «громкие» имена в уменьшительной форме.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Миркушин буквально означает «сын Миркуши». Это старая притяжательная модель, которая закрепилась в русских фамилиях раньше, чем модель с «-ов/-ев». Такая форма говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где имя отца было главным отличительным признаком человека.

Не стоит искать в этой фамилии тюркских или восточных корней, хотя первый слог «мир» может натолкнуть на такую мысль. Созвучие обманчиво: перед нами чисто славянская, православная по происхождению фамилия, просто изменившая облик под влиянием живой речи.