Фамилия Миркушкин — редкий случай, когда основа неочевидна, а суффикс нестандартен. В русских фамилиях на -кин обычно выделяется суффикс -ин, а -к- входит в основу прозвища: Миркушка. Формант -к(а) в прозвищах — уменьшительно-уничижительный или просторечный, но в данном контексте он скорее бытовой, от имени.

Самая вероятная версия: Миркушка — производная форма от крестильного имени Мирко (редкая южнославянская или западнорусская форма от Мирон, Мирослав либо Владимир). В русских говорах имя Мир как самостоятельное не встречается, зато Мирко фиксируется у сербов и украинцев. Если предок носил такое имя, то в быту его звали Миркушкой, а потомков — Миркушкиными.

Вторая версия, более прозаичная: прозвище Миркушка могли дать человеку, который «миркует» — то есть размышляет, рассуждает вслух, прикидывает. В диалектах слово «мирковать» означало «думать, гадать, прицениваться». Тогда Миркушкин — потомок рассудительного или неспешного в решениях человека.

Обратите внимание на суффикс -ушк-: он типичен для северных и сибирских говоров (ср. Иванушка, Петрушка). Фамилия могла возникнуть именно там, где уменьшительные формы на -ушка были нормой, а не южным -усь или -унь. Географически Миркушкины встречаются в Поволжье и на Урале — это косвенно подтверждает версию с прозвищем от глагола, так как в тех краях «мирковать» было ходовым словом.

Сословного барьера у фамилии нет: Миркушкиными могли стать и крестьяне, и мещане. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Ми́ркушкин, хотя в некоторых семьях могли перенести его на -у́шк- под влиянием живого произношения прозвища.