Фамилия Миркушина — это не отдельная фамилия, а фонетический вариант более распространённой фамилии Меркушина. В её основе лежит производная форма крестильного имени Меркурий, которое восходит к имени древнеримского бога — покровителя торговли, путешественников и ремесленников. На иконах и в античных изображениях Меркурий узнаваем по крылышкам на сандалиях, а в христианской традиции это имя носили несколько раннехристианских святых.

Разница между написаниями «Миркушина» и «Меркушина» объясняется просто: в живой речи безударная «е» звучит как «и», поэтому при записи фамилии на слух или в документах буква часто менялась. Такая замена — типичная примета простонародной письменной традиции, где писцы и сами носители фамилии ориентировались на произношение, а не на книжную норму. В результате часть семей закрепила вариант с «и», и он стал самостоятельной фамилией.

Исходное имя Меркурий было каноническим, но в быту оно редко использовалось в полной форме. Чаще звучали уменьшительные варианты: Меркуша, Меркушка, а также Миркуша — с той же заменой гласной. От этой обиходной формы и образовали фамилию с типичным русским суффиксом -ин: Миркушин, а для женщин — Миркушина. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Миркуши» или «дочь Миркуши».

Скорее всего, основатель рода Миркушиных был человеком из простого сословия. В среде крестьян и посадских людей полные церковные имена употребляли редко, предпочитая домашние прозвища. Поэтому фамилии, образованные от уменьшительных форм имён, чаще встречались именно у непривилегированных слоёв населения, тогда как дворянские роды обычно закрепляли за собой полную форму имени или фамилии на -ский.

Таким образом, потомок человека, которого в округе звали Миркушей, со временем получил фамилию Миркушина. Она сохранила память о далёком предке, носившем громкое имя античного бога, но в его простонародном, домашнем звучании. И хотя сам Меркурий давно стал лишь историей, его имя продолжает жить в этой фамилии — уже как часть русской ономастики.