Фамилия Миркушова — женская форма, исходная мужская — Миркушов. В центре внимания здесь не столько корень, сколько модель образования: суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую фамилию, то есть образованную от имени или прозвища отца. Реже встречается вариант с суффиксом -ев- (Миркушев), но написание через «о» после шипящего под ударением — норма для фамилий такого типа.

Основа, от которой пошла фамилия, — личное имя или прозвище Миркуш. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Мирон (в переводе с греческого — «источающий благовоние», «миро»). В русской народной среде имя Мирон давало целое гнездо производных: Мирка, Миркуша, Мироха. Суффикс -уш- (как в Ванюша, Петруша) придавал имени ласковый, бытовой оттенок. Таким образом, Миркуш — это «маленький Мирон» или просто домашнее обращение к Мирону.

Есть и другая, менее вероятная, но возможная версия. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, слово «мир» (мир — «эмир», «князь», или от арабского «амир» — «повелитель») входит в состав многих имён. В сочетании с «куш» (тюрк. «птица», «сокол») имя Миркуш могло означать «князь-птица» или «сокол повелителя». Однако для фамилии с русским суффиксом -ов- и ударением, падающим на «у», первая, славянская версия с именем Мирон выглядит гораздо естественнее. Тюркский след возможен только в том случае, если фамилия бытовала в регионах с сильным татарским влиянием (например, в Поволжье) и имела ударение на первый слог — Миркушов.

Географически фамилия Миркушова редкая. Основные очаги — юг России (Ростовская область, Краснодарский край) и регионы, куда переселялись крестьяне из центральных губерний. Сословно — это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: имя Мирон было распространено именно в простонародье, а не в дворянской среде. В дореволюционных метрических книгах по этим областям можно найти записи о Миркушовых как о государственных или помещичьих крестьянах.

В написании фамилии иногда встречается путаница: Миркушова и Миркушева. Первый вариант, с буквой «о» после «ш», — исторически верный для русского письма XIX века, когда после шипящих под ударением писали «о» (как в фамилиях Пирожков, Кожевников). Второй вариант — результат поздней унификации или ошибки паспортистов.