Фамилия Мирто — редкий случай, когда фамилия почти наверняка не русская по происхождению, хотя и живёт в русском контексте. В ней нет типичных славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), а окончание -о в мужском роде — скорее признак украинской, белорусской или, что вероятнее, южнославянской (болгарской, сербской, македонской) модели. В этих языках фамилии на -о, -е, -и не склоняются по падежам, что и происходит с Мирто в русском языке: мы говорим «позвонил Мирто», а не «Мирте».

Основа фамилии, скорее всего, восходит к греческому мужскому имени Миртос или женскому Мирта (Μυρτώ). В древнегреческой мифологии Мирта — нимфа, а само слово μύρτος означает «мирт», вечнозелёный кустарник, символ любви и бессмертия. Имя Мирто и сегодня встречается в Греции и на Кипре. Фамилия могла возникнуть, когда грека по имени Мирто (или его потомка) записали по отцу: «сын Мирто» — отсюда и фамилия.

Второй, менее вероятный, но возможный путь — топонимический. В Греции и на юге Балкан есть небольшие поселения с похожими названиями (например, Миртос на Крите). Фамилию мог получить человек, переселившийся оттуда. В России и на Украине фамилия Мирто встречается единично, в основном у потомков греческих переселенцев, которые в XVIII–XIX веках оседали в Приазовье, Одесской области и Крыму.

Из-за редкости фамилии и её иноязычной природы однозначно определить сословие предков сложно. Среди греческих переселенцев были и крестьяне, и купцы, и священники. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель фамилии Мирто в русском родовом древе — почти наверняка выходец из греческой среды, а сама фамилия сохранила память о древнем имени, связанном с миртовым венком.