Фамилия Мищанинец — редкий пример, в котором прямо считывается географическое происхождение предка. Основа здесь — «мищанин», что является диалектным, фонетическим вариантом слова «мещанин». В дореволюционной России мещане составляли одно из податных сословий, городских обывателей, не принадлежавших ни к купечеству, ни к дворянству. Однако суффикс «-ец» указывает не на принадлежность к сословию, а на выходца с определённой территории. По модели образования (основа + -ец) это типичная фамилия-прозвище, какими в XV–XVII веках называли человека, переселившегося из другого места. Носитель фамилии Мищанинец — это, скорее всего, потомок того, кого в новой местности прозвали «мищанином», то есть «тем, кто пришёл из Мищан» или «тем, кто был мещанином», но в условиях, где это слово звучало как «мищанин».

Наиболее вероятная версия связывает фамилию не с сословием, а с конкретным топонимом. В Беларуси и на западе Украины есть несколько населённых пунктов с корнем «Мищ-»: например, деревня Мищаны в Брестской области или Мищана в Ровненской. Жителя такого села или города в других местах могли называть «мищанином», а его сын или внук уже получал фамилию Мищанинец. Суффикс «-ец» здесь выполняет ту же роль, что и в фамилиях типа «Волынец» (с Волыни), «Полтавец» (из Полтавы) или «Могилевец» — он указывает на «выходца из» и характерен для украинской, белорусской и южнорусской ономастики.

Встречается также версия, что «мищанин» — это искажённое «мщанин» от слова «мща» (месть), но она лингвистически слаба и не подкреплена данными древнерусских говоров. Намного правдоподобнее, что перед нами результат аканья или местного произношения: в некоторых говорах «е» в «мещанин» переходило в «и», и слово звучало как «мищанин». Фамилия фиксируется преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи — на Волыни, в Подолье, в Гродненской губернии, что подтверждает её западнорусское или украинское происхождение. Носители фамилии Мищанинец сегодня встречаются в основном в Беларуси и на Украине, реже — в России, куда могли переехать в ходе переселений конца XIX — начала XX века.