Фамилия Мищенка — нестандартная по форме. В ней нет типичного русского суффикса -ов или -ин, а окончание -а выдаёт её южное, скорее всего украинское или белорусское происхождение. Это не патроним (сын такого-то), а скорее прозвищная фамилия, застывшая в именительном падеже.

Основа — «Мищенк-» — восходит к уменьшительной форме имени Михаил. В украинской и южнорусской традиции Мищенко (с ударением на первый или второй слог) — один из самых частых вариантов. А Мищенка — это либо диалектный вариант той же модели, либо форма, где суффикс -енк(о) редуцировался до -енк(а) под влиянием местного говора. Встречается такая фамилия в основном на юге России, в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях, а также на востоке Украины.

Модель образования проста: от имени Миша (разговорная форма от Михаил) через суффикс -енк(о), который в украинском языке означал «маленький» или «сын». То есть Мищенка — буквально «маленький Миша» или «сын Миши». Позже это перестало быть описанием и закрепилось как наследственная фамилия.

С точки зрения сословной принадлежности — это фамилия крестьянская или казачья. В среде запорожских и донских казаков фамилии на -енко были нормой, и Мищенко — одна из самых распространённых. Форма Мищенка могла закрепиться в документах при переписях, когда писарь записывал прозвище на слух, не следуя строгой орфографии.

В русском языке окончание -а делает фамилию несклоняемой по падежам: мы говорим «у Мищенки», «с Мищенкой», «о Мищенке». Это отличает её от большинства русских фамилий и часто вызывает вопросы при заполнении документов.