Фамилия Мищихина — редкий случай, когда за привычным русским окончанием скрывается не русская, а украинская основа. Вопреки ожиданию, разбор фамилии начинается не с мужского имени, а с женского прозвища Мищиха, которое и легло в основу рода. Такая модель — от прозвища матери или жены — встречается нечасто и сразу выделяет фамилию из ряда однотипных образований на -ин.

Скорее всего, прозвище Мищиха ведет начало от украинского слова «мiщанин», то есть «мещанин». В этом случае прозвище указывало на социальный статус: Мищихой называли жену мещанина — городского жителя, ремесленника или торговца, который не принадлежал ни к дворянству, ни к крестьянству. Такая привязка к сословию через женское прозвище характерна для украинской традиции, где женщину часто называли по мужу: Мельничиха — жена мельника, Попадиха — жена попа, а Мищиха — жена мещанина. Фамилия, образованная от такого прозвища, сохранила память о том, что предки жили в городе и занимались ремеслом или торговлей, а не земледелием.

Существует и вторая версия, менее убедительная, но имеющая право на жизнь. Мищихой могли прозвать жену человека по имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». От уменьшительных форм этого имени — Миша, Мишка, Михей — в русских говорах нередко образовывали женские прозвища: Мишиха, Мищихa. Однако против этой версии говорит то, что фамилия Мищихина встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, где слово «мещанин» было в обиходе, а имя Михаил давало бы более распространенные формы вроде Мишин или Михайлов.

Суффикс -ин в фамилии Мищихина указывает на принадлежность: Мищихина буквально значит «дочь или жена Мищихи». Такая форма закрепилась как фамильная, хотя в современном употреблении она чаще встречается в женском роде, что тоже говорит о ее относительно позднем оформлении. Фамилия не дворянская, не княжеская — она из числа тех, что фиксировали социальный слой горожан и их семей, и в этом ее историческая ценность.