Фамилия Мисихаев несёт в себе загадку, которую не решить одним взглядом на корень. В ней нет привычного славянского суффикса -ов/-ев, указывающего на отчество, хотя на конце мы видим именно -ев. Это говорит о том, что фамилия образована по русской модели, но основа у неё, скорее всего, иноязычная. Если отбросить суффикс, остаётся основа «Мисихай», которая не встречается в православных святцах и не похожа на крестильное имя.

Наиболее вероятное объяснение лежит в тюркской или кавказской среде. Формант -хай (или -ха) нередко встречается в именах и прозвищах народов Северного Кавказа, особенно у чеченцев, ингушей и народов Дагестана. «Мисиха» может быть вариантом личного имени или прозвища, где «миси» — возможно, искажённое «мисар» (египетский) или связанное с арабским «миср» (Египет, город). В таком случае Мисиха — человек, имеющий отношение к Египту или носящий соответствующее прозвище. Суффикс -ев присоединили уже при оформлении фамилии в русском делопроизводстве, что типично для XIX века, когда горцев записывали в метрики.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от тюркского корня «мисик» (кошка) в переносном значении — «ловкий, хитрый». Тогда Мисихай — «кошатник» или «ловкий человек». Но эта гипотеза слабее, так как не объясняет конечное -хай, которое для тюркских прозвищ нехарактерно.

Фамилия редкая и географически привязана к Северному Кавказу, в первую очередь к Чечне и Ингушетии. В дореволюционных документах она могла писаться как Мисихаевъ, Мисихай, а в устной речи — с ударением на последний слог. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были свободными горцами, не принадлежавшими к высшей знати, но имевшими своё родовое имя или прозвище, которое позже закрепилось за потомками.