Фамилия Мисиюков — хороший пример того, как украинская по происхождению фамилия обросла русским суффиксом. Её основа — имя или прозвище Мисий, которое является народной формой христианского имени Мисаил. В православных святцах Мисаил — древнееврейское имя, означающее «испрошенный у Бога». В украинской среде имя упростили до Мисий, а для обозначения сына или потомка человека по имени Мисий использовали суффикс -юк. Так появилась фамилия Мисиюк.

Однако в русском языке при переносе фамилий на новую почву к ним часто добавляли стандартный суффикс притяжательности -ов. Фамилия Мисиюк, попав в русскую среду, превратилась в Мисиюков — «сын Мисиюка», то есть внук Мисия. Такая модель — украинская основа на -юк + русский суффикс -ов — встречается нечасто, но показательна для регионов, где смешивались украинские и русские говоры, например, на юге России, в Курской, Воронежской или Ростовской областях.

В украинском варианте фамилия осталась бы Мисиюк без наращения. Если вы встретите носителя фамилии Мисиюков, с большой вероятностью его предки переселились из украинских земель в русские губернии и адаптировали фамилию под местные нормы. Прозвище Мисий могло закрепиться и за человеком с соответствующим характером или внешностью, но прямая связь с церковным именем остаётся самой убедительной версией. Других распространённых толкований — от профессии или географического названия — для этой фамилии нет.