Фамилия Мисиратов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На слух её можно принять за вариант фамилии Мисюратов или Мисюрев, но корень здесь, скорее всего, другой. Основа «мисират» не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых тюркских прозвищах, что заставляет искать объяснение в заимствованных словах.

Наиболее вероятная версия ведёт к арабскому слову «миср» (مصر) — «Египет», «Каир». В тюркских языках, особенно у народов Поволжья и Средней Азии, слово «мисир» или «мисыр» закрепилось как название страны или города, а также как прозвище человека, который побывал в Египте, торговал с ним или имел оттуда родственников. Суффикс «-ат» в тюркских языках может указывать на множественность или принадлежность к роду, а русский суффикс «-ов» оформил фамилию по стандартной модели. Таким образом, Мисиратов — это «потомок того, кого звали Мисират», то есть «египтянин» или «каирец».

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит искажённое греческое слово «мисюр» (от μισθός — «плата», «наём») — в русских говорах так называли род шлема или воинский налог. Однако в этом случае фамилия скорее звучала бы как Мисюров или Мисюрёв. Форма «Мисиратов» тяготеет к восточному, тюрко-татарскому следу.

Географически фамилия встречается в рассеянном виде, преимущественно в южных регионах России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её связь с татарскими или башкирскими родами, где бытовали арабские заимствования. Сословного барьера у неё не было: Мисиратовым мог быть и крестьянин, получивший прозвище от односельчан за связь с южными землями, и служилый человек татарского происхождения.