Фамилия Мистратова — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии происхождения. Её основа — топоним Мистратово или Мистратов. Такие названия встречаются в Тверской и соседних областях: например, деревня Мистратово в Кесовогорском районе Тверской области существует до сих пор. Человек, переселившийся из такого места в другую волость, получал прозвание Мистратов (по названию села), а его потомки закрепляли фамилию с типичным русским суффиксом -ов.

Суффикс -ат- в основе настораживает: он нехарактерен для русских фамилий, образованных напрямую от имени или прозвища. Если бы фамилия шла от личного имени Мистрат (гипотетического, в святцах его нет), суффикс -ов присоединился бы к основе Мистрат- без наращения. Наличие -ов- между корнем и фамильным окончанием — верный признак того, что в основе лежит не имя, а уже готовое прозвание или название, которое само по себе содержало суффикс -ат. В данном случае — ойконим с характерным для северо-западных говоров суффиксом принадлежности (-ово, -ато).

Корень мистр- — тёмный. Можно предположить связь с диалектным словом «мистра» (в некоторых говорах — метель, пурга), но это шаткая гипотеза без письменных подтверждений. Намного вероятнее, что название деревни восходит к дославянскому субстрату: финно-угорское «миста» (место, участок) или балтийское «mistras» (сумеречный, туманный). Тверская область — зона древнего расселения племён меря, весь, карел, поэтому балтийские и финские следы в топонимике там обычны.

Социальный портрет предка — крестьянин или однодворец из тверского Пошехонья, вышедший из деревни Мистратово. Фамилия осталась локальной: её носители до революции почти не покидали пределов Тверской и Ярославской губерний. Встречаемость крайне низкая — это не массовая фамилия, а штучный след одного гнезда.