Фамилия Мисирханов — редкий пример, где в основе лежит не славянское, а тюркское или арабско-персидское слово, соединённое с русским патронимическим суффиксом. Если разобрать её по составу, сразу бросается в глаза корень «мисир». В тюркских языках, особенно в кумыкском, ногайском и азербайджанском, «мисир» означает «Египет» (от арабского «Миср»). Второй компонент — «хан» — широко распространённый тюркский титул, означающий правителя, владыку. Таким образом, исходное имя или прозвище Мисирхан можно перевести как «египетский хан» или «хан Египта». Это не обязательно указывает на реальное родство с египетскими правителями: в кочевой среде такие прозвища давали человеку, который побывал в Египте, торговал с ним или просто выделялся восточной, «египетской» внешностью или характером.

Словообразовательная модель типична для русификации кавказских и тюркских фамилий. К основе Мисирхан добавили русский суффикс -ов, который превращает имя отца в фамилию сына: «сын Мисирхана». Такая адаптация массово происходила в XIX веке, когда горцев Северного Кавказа и Закавказья записывали в метрики и ревизские сказки. Фамилия Мисирханов почти наверняка имеет кумыкское или аварское происхождение, поскольку у этих народов титул «хан» входил в состав личных имён чаще, чем у соседей.

Географически фамилия привязана к Дагестану и, в меньшей степени, к Чечне. Встречается она и среди азербайджанцев, но там чаще сохраняется форма Мисирханлы или Мисирханов. В русских переписях XIX века Мисирхановы фиксировались в Хасавюртовском округе и Терской области. Интересно, что в отличие от фамилий на -оглы или -заде, суффикс -ов указывает на более раннюю и плотную интеграцию носителя в российскую административную систему.

Споров вокруг корня почти нет: лингвисты сходятся на версии «египетский хан». Редкая альтернативная гипотеза — связь с арабским «миср» в значении «город» или «столица», но она слабее, так как в личных именах тюрков слово «мисир» закрепилось именно за Египтом как за географическим и культурным понятием.

Фамилия остаётся немногочисленной. Её носители — в основном потомки кумыкских узденей (свободных крестьян) или аварских старшин, чьи предки получили прозвище за связь с дальними странами. Сегодня Мисирхановых можно встретить в Махачкале, Кизляре и в сёлах Хасавюртовского района, а также среди дагестанской диаспоры в Москве и Тюмени.