Фамилия Митрущенкова — это не самостоятельное имя, а фонетический вариант более распространенной фамилии Митрушенкова. Разница в написании через «щ» вместо «ш» возникла из-за особенностей произношения в южнорусских говорах, где звук [ш] перед мягкими гласными смягчался и переходил в [щ']. Поэтому обе формы — Митрушенков и Митрущенков — звучат и пишутся по-разному, но имеют единого предка.

В основе обеих фамилий лежит имя Митруша — ласкательная и просторечная форма канонического имени Дмитрий. В переводе с греческого Димитрий означает «принадлежащий Деметре», богине земледелия и плодородия. На Руси имя Дмитрий было одним из самых частых, поэтому и его уменьшительных форм возникло великое множество: Митя, Митюха, Митяй, Митруха и, конечно, Митруша.

Дальше вступает в силу модель образования отчеств. Сначала появилось отчество первого порядка — Митрушин (сын Митруши). Но в украинской и южнорусской традиции широко использовался суффикс -енко, который также указывал на сына. Так возникло именование Митрушенко — буквально «маленький Митруша» или, точнее, «сын Митруши». А уже от него, по русской модели, образовали фамилию Митрушенков — то есть сын Митрушенко и внук Митруши. Таким образом, фамилия Митрущенкова — это отчество второго порядка, которое закрепилось в документах как наследственное родовое имя.

Скорее всего, основатель рода Митрущенковых был человеком из простого сословия. Фамилии с суффиксом -енко в XVII–XVIII веках активно формировались в казацкой среде, среди крестьян и мещан Украины и юга России. Именование по деду или отцу без привязки к роду занятий, месту жительства или прозвищу — типичный признак недворянского происхождения: знать чаще брала фамилии по владениям или заслугам, а простые люди просто фиксировали родство.