Фамилия Мизеркин образована от прозвища Мизерка. Оно ведет свое начало от заимствованного из французского языка слова «мизер», которое имеет несколько значений: «бедный, скудный», «слабый, хилый», «маленький». Исходя из этого, можно предположить, что Мизеркой прозвали либо небогатого, либо болезненного человека, либо того, кто отличался миниатюрностью или невысоким ростом. Так и прозвище Мизерка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Мизеркин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мизерка, со временем получил фамилию Мизеркин.