Фамилия Младшин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а положение человека в семье. Корень здесь прозрачен: «младш-» от прилагательного «младший». Так на Руси называли младшего сына, младшего брата или вообще самого юного в роду. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Младшин» буквально значит «чей?» — сын Младшего, потомок того, кого так прозвали.

Обычно фамилии на -ин образовывали от основ на -а/-я (сын Кузьмы — Кузьмин, сын Ильи — Ильин). Здесь же основа на шипящий «ш», что для этой модели редкость. Скорее всего, прозвище Младша (или Младшой) закрепилось в устной речи, а уже от него пошла фамилия. Подобные примеры встречаются: Старшин — от «старший», Большаков — от «большак», то есть старший в доме. Младшин — его зеркальное отражение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где патронимические формы на -ин особенно распространены. Встречается нечасто, что логично: прозвище «Младший» давали не каждому, а лишь в многодетных семьях, где требовалось различать братьев. Если старший сын наследовал хозяйство и имя отца, то младший нередко оставался в истории просто как «Младша» — и его дети уже носили фамилию Младшины.

С точки зрения социальной истории, предки носителей этой фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди. Дворянские роды с таким окончанием (-ин) редки, а прозвищная основа указывает на бытовую, деревенскую среду. Фамилия не получила широкого распространения и не попала в число знаменитых, поэтому её носители — это люди, чьи предки жили скромно, но оставили след в виде точного и ёмкого родового имени.