Фамилия Мочарко — редкий случай, когда прозвище «ушло» в фамилию не через стандартный суффикс принадлежности, а через уменьшительно-ласкательную украинскую модель. В основе лежит слово «мочар» — так в юго-западных говорах (украинских и белорусских) называли болотистую, топкую местность, мочажину. Человек мог получить прозвище Мочар, если жил у болота или на сырой низине, а суффикс -ко превратил это прозвище в фамилию по типу «сын или потомок Мочара». Это характерная украинская модель: Бондарь — Бондарчук, Коваль — Ковальчук, и здесь Мочар — Мочарко.

Версия о связи с глаголом «мочить» (то есть «тот, кто мочит, мочалка») менее правдоподобна: слово «мочар» в значении «мокрец» или «сырое место» фиксируется в словарях народных говоров, тогда как прозвище по действию «мочить» обычно давали с другим суффиксом — Мочило, Мочкин. Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины — Волынь, Подолье, Ровенщина, а также встречается у белорусов Полесья. В русских переписях она редка: севернее Москвы «мочарами» не называли, там говорили «мох», «мшара», «топь».

Интересная деталь: в украинской ономастике фамилии на -арко (а не -арчук) считаются более архаичными. Если бы фамилия образовалась в XIX веке, скорее появился бы Мочаренко или Мочарчук. Форма Мочарко указывает на более ранний слой — возможно, XVI-XVII века, когда суффикс -ко активно вытеснял патронимические окончания. По сословной принадлежности предки Мочарко могли быть как крестьянами (жили на болотистых землях, которые считались малоплодородными), так и казаками — в реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища от ландшафтных терминов. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Правописание фамилии устойчиво: ударение на второй слог (Моча́рко), вариант через «о» в корне не меняется — это не ошибка, а диалектная черта, в отличие от литературного «мочажина».