Фамилия Мочарский — одна из тех, чья форма на -ский сразу выдаёт её географическое или топонимическое происхождение. Такие фамилии в старину чаще всего получали дворяне по названию своего поместья или выходцы из сёл и городов, а позже — духовенство при поступлении в семинарию. В случае с Мочарским основа, скорее всего, не личное имя, а название места.

Корень «мочар» в русских говорах и в украинском языке означает топкое, болотистое место, мочажину, сырую низину. Отсюда и распространённые топонимы: сёла Мочары (есть в Мордовии и в Чувашии), Мочарка, Мочар, а также река Мочара. Человек, носивший фамилию Мочарский, мог быть выходцем из одного из таких населённых пунктов — например, из села Мочары в бывшем Симбирском уезде или из хутора Мочарского на Кубани. В этом случае фамилия отвечает на вопрос «откуда?» и образована по стандартной модели: топоним + суффикс -ский.

Существует и менее вероятная, но возможная версия: прозвищное происхождение. В некоторых диалектах «мочар» — это не только болото, но и человек, который «мочит», то есть льёт воду, плакса или же тот, кто мочит лён и коноплю. Однако для прозвищ типичнее суффиксы -ов/-ев или -ин, а -ский почти всегда указывает на связь с местностью или принадлежность к сословию. Поэтому версия с топонимом выглядит предпочтительнее.

Фамилия не относится к числу очень частых, но встречается в разных регионах России, особенно в Поволжье и на юге. Её носители могли быть как крестьянами, переселившимися из болотистой местности, так и священниками, получившими фамилию при рукоположении по названию родного села. Дворянский род Мочарских в гербовниках не значится, так что в основе лежит именно географическое прозвище первого носителя, а не жалованное поместье.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мочалов, Мочалин, Мочалкин — показывает разницу: если те образованы от прозвищ (мочало, мочалка), то Мочарский стоит особняком, сохраняя в основе не бытовой предмет, а ландшафтный термин. Это делает фамилию более «адресной»: она не описывает внешность или занятие предка, а прямо указывает на его малую родину — сырое, мочажинное место, где он жил или откуда пришёл.