Фамилия Мочарный — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. В отличие от «мокрых» фамилий вроде Мокроусов, здесь корень не глагол, а конкретный топоним. На Украине и в южных областях России есть несколько сёл и хуторов с названием Мочары, Мочарка, Мочарное. Житель такого места получал прозвище Мочарный — «тот, кто из Мочар». Суффикс -н- в данном случае указывает на принадлежность к местности, а не на свойство человека.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «мочар» — топкое место, болото, мочажина. Тогда Мочарный означал бы человека, живущего у такого болота, или того, кто на нём работал (косил осоку, добывал торф). В пользу этой версии говорит то, что фамилия распространена в Полесье и на Черниговщине — регионах с обилием заболоченных низин. Однако в ономастике чаще закрепляется не природный признак, а конкретный населённый пункт.

Фамилия образована по продуктивной модели прилагательного на -ый: Мочарный — «относящийся к Мочарам». Такая модель характерна для фамилий, возникших из прозвищ, данных по месту жительства или службы (например, Донской, Горский). Интересно, что фамилия не перешла в типичную для великорусских земель форму на -ов (Мочарнов) — это говорит о её относительно позднем оформлении и украинском или южнорусском происхождении. В документах XVIII — начала XIX века фамилия встречается среди казаков Черниговского полка и однодворцев Курской губернии — сословий, где фамилии часто привязывали к названию слободы или хутора.

Словообразовательный разбор прост: корень «мочар-», суффикс «-н-», окончание «-ый». Фамилия однородная, без вариантов написания вроде Мочарнов или Мочарский — это дополнительный аргумент в пользу её прямой связи с конкретным топонимом, а не с абстрактным признаком.