Фамилия Мочинин — одна из тех, чья основа уводит нас в мир русских прозвищ, связанных с характером или поведением. В её центре лежит глагол «мочить» или производное от него слово «моча». На первый взгляд это звучит неблагозвучно, но в старину такие прозвища давали без обидного оттенка: Моча, Мочка, Мочало — они могли относиться к человеку, который часто мочил что-то (например, лён или коноплю для обработки), либо к тому, кто работал в сырости, на воде. Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным «мочинин» — так в некоторых говорах называли мокрую, ненастную погоду, и прозвище мог получить человек, родившийся в дождливый день.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мочинин буквально значит «сын Мочи» или «из семьи Мочиных». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, которые не были крестильными. Важно, что в фамилии нет суффикса -ов/-ев, что часто встречается у фамилий, возникших на севере или в центральных областях России, где -ин был особенно распространён. Географически Мочинины встречаются нечасто, но есть данные, что фамилия бытовала в Вологодской и Архангельской губерниях — регионах, где обработка льна и сырой климат были повседневностью.

Ономастика не даёт точных указаний на дворянское или крестьянское происхождение Мочининых. Скорее всего, это крестьянская или посадская фамилия, закрепившаяся в XVI–XVII веках, когда прозвища переходили в наследственные. Ударение в фамилии, судя по правилам русской орфоэпии, падает на второй слог — Мочи́нин, хотя в быту встречаются варианты. Споров о корне почти нет: большинство исследователей сходится на глагольной основе, отбрасывая редкие гипотезы о тюркских заимствованиях — для них нет ни фонетических, ни исторических подтверждений.