Фамилия Мочинина — женская форма от мужской Мочинин, и её разбор стоит начать с суффикса. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мочинин, то есть сын или потомок Мочини. Но основа здесь не от имени, а от прозвища или слова, которое звучит необычно для современного уха.

Корень «моч-» в древнерусском языке имел два основных значения. Первое — «мочь, сила, возможность» (от глагола «мочи» — быть в силах). Второе, более редкое и диалектное, — «моча» как влага, сырость, болотистое место. В ономастике известна фамилия Мочалов (от «мочало» — лыко), но Мочинин стоит особняком. Скорее всего, в основе лежит прозвище Мочиня — так могли назвать человека сильного, могучего, либо, наоборот, слабого, «немогучего», с иронией. В говорах северных и сибирских областей «мочинить» означало «мочить, вымачивать», что указывает на возможное ремесло: кожевник или рыбак, связанный с обработкой сырья в воде.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вятской и Архангельской губерниях. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян с прозвищем Мочиня, но без устойчивой фамильной передачи — это говорит о том, что Мочинины, скорее всего, выходцы из крестьянской или посадской среды, а не из дворянства.

Не стоит путать Мочинина с однокоренной, но более распространённой фамилией Мочалин — у той основа от «мочало», а у Мочинина корень другой. Если предположить, что прозвище было связано с глаголом «мочить», то предок мог заниматься выделкой кож или льна — работа, требовавшая постоянного контакта с водой. В любом случае, фамилия сохранила редкую словообразовательную модель с суффиксом -ин от основы на -я, что делает её уникальной даже среди схожих по звучанию русских фамилий.