Фамилия Могилатова — женская форма фамилии Могилатов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ов- здесь указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища: «чей?» — «Могилатов», то есть сын или потомок человека по прозвищу Могилат. Основа «Могилат» встречается редко, и это сразу выделяет фамилию среди более привычных Могилёв, Могильный или Могилевцев.

Прозвище Могилат могло образоваться от слова «могила» с помощью уменьшительно-пренебрежительного суффикса -ат (как в словах «горбат», «бородат»). В русских говорах «могила» не только место захоронения, но и, в переносном смысле, человек угрюмый, молчаливый, «тёмный» или, наоборот, крепкий, непоколебимый, как земля. Суффикс -ат придавал прозвищу оттенок обладания признаком: «могилатый» — тот, кто похож на могилу, кто несёт в себе что-то тяжёлое или мрачное. Вторая версия — прозвище могло быть ироничным: так могли назвать человека, который работал на кладбище (копальщик могил) или жил рядом с погостом.

Скорее всего, фамилия Могилатов сформировалась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища давали по внешним чертам, поведению или роду занятий. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано, что указывает на её народное, «низовое» происхождение. Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, но не имеет ярко выраженной локальной привязки — это редкая, разрозненная фамилия, носители которой могли появиться независимо в разных местах.

Написание через «а» в суффиксе (Могилатов, а не Могилотов) подтверждает, что основа — именно «могила», а не, скажем, искажённое «магнит» или тюркское имя. Вариант Могилатова — это форма для женщины, которая в быту может употребляться и как несклоняемая (например, «книга Могилатова»), хотя по правилам склоняется как обычное притяжательное прилагательное.