Фамилия Мохненко — типичный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. В восточнославянской ономастике этот суффикс исторически означал «сын» или «потомок» (сравните с современным украинским малий — маленко, то есть «сын малого»). Таким образом, Мохненко — это «сын Мохны» или «потомок человека по прозвищу Мохна».

Прозвище Мохна, от которого и пошла фамилия, скорее всего, связано с внешностью. «Мохнатый» в старину значило лохматый, косматый, заросший волосами или шерстью. Человека с густыми, торчащими волосами, неопрятной бородой или густыми бровями могли запросто прозвать Мохной. В диалектах слово «мохна» могло относиться и к мохнатому зверю (например, медведю), или к одежде из меха ворсом наружу — так могли назвать того, кто постоянно носил тулуп или кожух нараспашку.

Вторая, менее очевидная версия, отсылает к слову «мох» (болотное растение). В говорах «мохна» — это не только лохматый человек, но и топкое, мшистое место. Прозвище могли дать жителю болотистой местности или тому, кто жил «на моху», например, в лесной сторожке. Однако эта версия слабее: фамилии от географических объектов чаще образуются через суффиксы -ский/-цкий (Моховицкий, Замошский), а Мохненко — это именно патроним от личного прозвища.

Интересно, что фамилия Мохненко почти не встречается в северных великорусских землях, где были бы уместны суффиксы -ов/-ев. Она прочно привязана к украинскому ареалу: Левобережье, Полтавщина, Черниговщина. В реестрах запорожских казаков или в метриках Гетманщины такой носитель мог быть записан как «Мохна», а его дети уже фигурировали как «Мохненко». В XIX веке, с распространением паспортной системы, фамилия закрепилась именно в этой форме.

С точки зрения социального контекста, прозвище Мохна не указывает на ремесло или сословие — это сугубо бытовая, «уличная» кличка, которую давали в крестьянской или казацкой среде. Фамилия не дворянская и не купеческая, её носители — потомки простых людей, которых в своё время отличали по густой шевелюре или лохматому тулупу.