Фамилия Мохрачева — женская форма фамилии Мохрачев, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Словообразовательная модель здесь классическая: суффикс -ев- указывает на принадлежность («чей?» — Мохрачев, то есть сын или потомок Мохрача). Основа — Мохрач.

Ключ к разгадке — слово «мохра». В русских говорах так называли кисть, бахрому, махры — свисающие нити или лохмотья. Прозвище Мохрач могли дать человеку неряшливому, неопрятно одетому, ходившему в рваной или лохматой одежде. В некоторых диалектах «мохра» означала также «висок» или «прядь волос», поэтому прозвище могло относиться к человеку с длинными, торчащими волосами или косматому.

Версия с тюркским корнем менее правдоподобна. Например, тюркское «мохур» (печать, клеймо) могло бы дать фамилию Мохуров, но не Мохрачев. Переход «ур» в «ар» нехарактерен для заимствований в этой группе. Поэтому бытовое, описательное прозвище из живого русского языка — объяснение более естественное.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, особенно к Черноземью. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и однодворцы с фамилиями Мохров, Мохрин, Мохранов — все они образованы от того же корня «мохр». Мохрачев — вариант, где к основе добавился суффикс -ач, часто дававший прозвища по характерному признаку (ср. Усач, Бородач). Таким образом, предок Мохрачевых — человек, которого в деревне запомнили по небрежному виду или лохматой голове, и это прозвище закрепилось за его потомками.