Фамилия Мокина образована от мужского крестильного имени Мокий, а точнее — от его просторечной, обиходной формы Мока. Греческое имя Мокий переводится как «насмешник», и именно эта уменьшительная форма легла в основу фамилии. В истории православия известны четыре святых покровителя этого имени: мученик Мокий-чтец (день памяти 11 февраля), священномученик Мокий (24 мая), мученик Мокий (16 июля и 20 августа) и праведный Мокий (31 декабря). Благодаря им имя вошло в святцы и получило распространение на Руси.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа Мок- + суффикс -ин указывает на принадлежность. Фамилии на -ин в русской традиции обычно возникали в семьях, где главу дома звали Мока, и отвечали на вопрос «чей ты?» — то есть «Мокин» означало «сын Мо́ки». Ударение при этом чаще падает на первый слог, хотя в некоторых семьях можно услышать и вариант Мокина́.

Скорее всего, основатель рода Мокиных был человеком из простого сословия. В крестьянской и посадской среде полные церковные имена редко использовались в быту — их заменяли короткими домашними формами вроде Моки, Мики, Мокея. Потомок человека по имени Мока со временем и получил фамилию Мокин.

Стоит различать Мокиных и однокоренные фамилии Мокеев, Мокий, Моков. Мокеев восходит к полной форме Мокей, которая тоже встречалась в святцах как вариант имени Мокий. А вот Мокин — более редкий случай, потому что в его основе лежит именно краткая форма. Если Мокеевых в старых переписных книгах можно найти довольно много, то Мокины встречаются реже, и это делает фамилию более локальной, привязанной к конкретным семьям.

В современном употреблении фамилия Мокина встречается и как женская форма от Мокин, и как самостоятельная фамилия, например у носительниц, которые не меняли её при замужестве. География распространения широкая — от центральных областей России до Урала и Сибири, куда фамилию уносили переселенцы в XVII–XIX веках.