Фамилия Мокрухина — женская форма от Мокрухин, а тот образован от прозвища или нецерковного имени Мокруха. Основа здесь — корень «мокр-», связанный с водой, сыростью, влагой. Суффикс «-ух-» в русских прозвищах и фамилиях часто придаёт слову оттенок просторечия или даже лёгкой пренебрежительности: Мокруха — «мокрый человек», тот, кто постоянно мокнет, возится с водой или живёт в сыром месте. Такая модель словообразования встречается и в других фамилиях: Сухоруков (от Сухорукий), Кривухин (от Кривуха). Но в случае с Мокрухиным есть и вторая, не менее вероятная версия.

В русских говорах «мокруха» — не только человек, но и народное название сыроежки, гриба, который растёт во влажных лесах. Прозвище Мокруха могли дать грибнику, любителю собирать мокрухи, или человеку, который торговал этими грибами. Кроме того, в диалектах «мокруха» означала и мокрую погоду, слякоть, и даже болотистую местность. Так что предок носителя фамилии мог жить на сыром, низинном участке — отсюда и прозвище по месту жительства.

Фамилия Мокрухин — относительно редкая, но не уникальная. Её географическое распространение, судя по архивным данным и современным справочникам, тяготеет к центральным и северным областям России: Вологодской, Костромской, Кировской, а также к Уралу. Именно в этих регионах, с обилием лесов, болот и рек, прозвище Мокруха было особенно уместно. Встречается и вариант Мокрухин с ударением на первый слог — это может указывать на местный говор.

С точки зрения социальной истории, фамилия Мокрухин, скорее всего, крестьянская. Она не попала в число дворянских родов и не встречается в старых боярских списках. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность к конкретному человеку: «чей? — Мокрухин», то есть сын или потомок Мокрухи. Такие фамилии массово закреплялись в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей, когда для учёта и податей нужно было отличать одного Ивана от другого.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Мокрухин стоит в одном ряду с Мокровым, Мокроносовым, Мокроусовым. Но Мокрухин выделяется именно суффиксом «-ух-», который в русской ономастике встречается реже, чем стандартные «-ов» или «-ин». Это делает фамилию более колоритной и говорящей: она сразу рисует образ — не просто «мокрый», а именно «мокруха», со своим характерным оттенком.