Фамилия Молчанкин происходит от прозвища или мирского имени Молчанка, которое давали человеку тихому, неразговорчивому и скрытному. В старину таких людей называли словом «молчан», и прозвище метко указывало на особенности характера основателя рода. Впрочем, есть и вторая версия: Молчанкой могли назвать спокойного, тихого ребенка, и тогда имя выполняло роль оберега — считалось, что такое наречение убережет дитя от лишней суеты и злых языков.

Основа фамилии — древнерусское нецерковное имя Молчан, которое встречается в исторических документах с XVI века. В трудах С. Б. Веселовского упоминаются родственные прозвища и фамилии: Иван Дмитриевич Молчан Чеглоков (первая половина XVI века), Андрей Борисович Молчан (1535 год, Вологда), а также Иван Федорович Молчан Ошанин (1570 год). Эти записи показывают, что прозвище было широко распространено в разных слоях общества и в разных землях — от Вологды до служилых родов.

Суффикс «-кин» в фамилии указывает на притяжательную форму: Молчанкин — значит «сын Молчанки». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших от прозвищ с уменьшительно-ласкательным оттенком. Интересно, что параллельно существовали и другие однокоренные фамилии — Молчанов, Молчановский, Молчанский, — но Молчанкин сохранил именно ту форму, которая прямо отсылает к прозвищу Молчанка, а не к более позднему «Молчан».

Процесс закрепления фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Точно сказать, где именно впервые возникла фамилия Молчанкин, можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, но очевидно, что её корни уходят в народную традицию именований, где меткое слово о человеке становилось его пожизненным прозвищем, а затем передавалось потомкам.