Фамилия Молдосанов — одна из тех, чей корень уводит в тюркские языки Центральной Азии. В её основе лежит имя Молдос, которое образовано от слова «молдо» (вариант — «мулла») с добавлением уменьшительно-ласкательного суффикса «-с». «Молдо» в тюркских языках означает грамотного, религиозного человека, служителя культа или учителя. Таким образом, Молдос — это «маленький мулла», «сын муллы» или почтительное прозвище для мальчика из семьи духовного лица. Фамильный суффикс «-ов» — русский, патронимический. Его присоединяли при официальной записи фамилий в XIX — начале XX века, чтобы адаптировать местные имена к документам Российской империи. Молдосанов буквально означает «потомок Молдоса».

Географически фамилия тяготеет к Кыргызстану и южным областям Казахстана, а также встречается среди каракалпаков. В русском контексте она редкая и почти всегда указывает на среднеазиатские корни семьи. Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на «-ов», образованных от полных крестильных имён, здесь мы видим не церковное, а бытовое имя, связанное с социальным статусом. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды, где исламская учёность и грамотность передавались по наследству, а прозвище «Молдос» могло закрепиться за родом, где несколько поколений были муллами или учителями при мечети.

Встречается и более редкий вариант написания — Молдосанов с ударением на второй слог (МолдОсанов), что характерно для некоторых регионов Кыргызстана. Сама структура — корень «Молдос-» + суффикс «-ан-» (как в фамилиях Ахметжанов, Бекжанов) — встречается у фамилий, образованных от имён с компонентом «-жан» или «-хан», но здесь «-ан» просто фонетически нарастили для благозвучия. Споров о происхождении корня почти нет: тюркское «молдо» надёжно зафиксировано в словарях. Единственная гипотеза, которую стоит отмести сразу, — попытка связать фамилию с молдавским корнем: это фонетическое совпадение, не имеющее под собой ни географической, ни исторической основы.