Фамилия Молдоканова звучит так, будто за ней стоит целая история — и это действительно так. Она образована от мужского имени или прозвища Молдокан, которое, в свою очередь, составное. Первая часть — «молдо» — в тюркских языках (особенно в киргизском, казахском) означает «грамотный», «учёный», часто — «мулла». Это слово пришло из арабского «мулла» через персидское посредничество и обозначало человека, обученного религиозным текстам, либо просто уважаемого наставника. Вторая часть — «кан» — тюркское «хан», титул правителя или знатного человека.

Соединение «молдо» и «хан» даёт прозвище «учёный хан» или «мулла-хан». Вряд ли речь шла о реальном правителе — скорее, так могли в шутку или с уважением назвать человека, который сочетал религиозную учёность с властным характером или занимал видное место в общине. Встречается и другая версия: «Молдокан» могло быть личным именем, где «молдо» указывало на профессию отца или деда, а «кан» — на принадлежность к знатному роду.

Суффикс «-ов» в конце фамилии — типично русский патронимический формант. Он означает «сын» или «принадлежащий». Таким образом, Молдоканова — это «дочь (или жена) Молдокана». По мужской линии Молдокан — «сын Молдокана». Такая модель образования характерна для фамилий, возникших в среде, где русская администрация фиксировала имена и прозвища нерусского населения. Фамилия могла закрепиться у киргизов, казахов, татар или башкир, которые входили в состав Российской империи и получали фамилии по отцу.

Особенность фамилии — двойной тюркский корень, который почти не встречается в одиночку. В отличие от простых фамилий вроде Молдаев (от «молда»), здесь добавлен титул «хан», что придаёт прозвищу торжественный оттенок. Скорее всего, предок носителя фамилии был не просто грамотеем, а уважаемым человеком — возможно, сельским судьёй или старшиной, которого в народе величали «молдоканом». Географически фамилия чаще всего встречается в Киргизии и среди киргизских диаспор, реже — в Казахстане.

Написание фамилии устойчиво: ударение, скорее всего, падает на последний слог — Молдока́нова. Вариант с «а» на конце — женская форма, мужская — Молдоканов. В документах XIX века могли фиксировать и как Малдоканов, под влиянием местного произношения, но современный вариант закрепился в русской орфографии. Фамилия редкая, поэтому её носители, скорее всего, имеют общих предков в пределах нескольких поколений.