Фамилия Молдованов напрямую связана с прозвищем Молдован, которое, в свою очередь, восходит к этнониму, то есть самоназванию народа. Молдоване исторически жили не только в Молдавии, но и на обширных территориях Украины, в России, Казахстане и других странах. Поэтому первое и самое очевидное объяснение: прозвище Молдован давали человеку, который по происхождению был молдаванином. Так на Руси могли называть выходца из этих земель, который поселился среди русских.

Однако этноним в прозвищах не всегда указывает на кровное родство. Часто на Руси так называли русского человека, который перенял обычаи, манеру поведения или говор соседнего народа. Могли дать такое прозвище и за любовь к молдавской кухне, вину или за характер, который казался окружающим «молдавским» — горячим и вспыльчивым. Так что прозвище Молдован могло закрепиться за человеком, вовсе не имеющим молдавских корней, но чем-то выделяющимся на фоне остальных.

Сама модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики. К основе Молдован добавили популярный патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к отцу. Таким образом, Молдованов — это буквально «сын Молдована», то есть потомок человека, носившего это прозвище. Этот суффикс был самым распространённым в центральных и северных регионах России, что косвенно говорит о том, что фамилия закрепилась именно в великорусской среде, а не на юго-западных окраинах.

Интересно, что фамилия сохранила букву «о» в середине, хотя в современном русском языке чаще используют слово «молдаванин». Форма «молдован» — более старая, народная, она встречается в украинском и белорусском языках, а также в южнорусских говорах. Это ещё раз подтверждает, что прозвище возникло в живой разговорной среде, а не в канцелярской переписке. Со временем потомки человека по прозвищу Молдован унаследовали фамилию, которая закрепилась за их родом и дошла до наших дней.