Фамилия Молодухин — один из тех случаев, когда прозвище или мирское имя «приросло» к роду через суффикс, указывающий на прямую родственную связь. Суффикс -ин в русских фамилиях (в отличие от -ов/-ев) означает принадлежность конкретному лицу: Молодухин — это «чей?» — сын Молодухи. Сама основа Молодух- образована от прозвища Молодуха.

Слово «молодуха» в русских говорах имело два основных значения. Первое — молодая женщина, чаще всего невестка или молодая сноха, только вошедшая в дом мужа. Второе, более редкое, — название птицы (самки некоторых видов уток или мелких пташек). Скорее всего, фамилия пошла от первого значения: прозвище Молодуха могла получить женщина — либо по возрасту и статусу (вечно моложавая, бойкая), либо по характеру (суетливая, как молодая хозяйка). Но в ономастике действует правило: если прозвище женского рода, то носителем фамилии стал мужчина, которого называли по матери или жене. Молодухин — значит «сын Молодухи». То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был сыном женщины по прозвищу Молодуха. Такая модель (от женских прозвищ) встречается реже, чем от мужских, и часто указывает на неполную семью, вдовство или особую роль матери в доме.

Интересна и форма суффикса. В русских фамилиях на -ухин (как Болтухин, Ветлухин, Шелухин) основа часто имеет экспрессивную, уменьшительно-уничижительную или шутливую окраску. Суффикс -ух- придавал прозвищу фамильярный, бытовой оттенок. Молодуха — это не просто «молодая», а «молодушка», «молодайка» с оттенком простонародной ласки или иронии. Такие прозвища были типичны для северных и центральных губерний России, где активно использовались формы на -уха.

Географически фамилия Молодухин встречается рассеянно, без явного гнезда, но чаще фиксируется в Поволжье и на Урале. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким именованием, но массовой фамилией она не стала — это редкий, «штучный» случай. Дворянских родов Молодухиных не зафиксировано, фамилия — однозначно крестьянского или мещанского происхождения, что подтверждается её «бытовой», нецерковной основой.

Если сравнивать с однокоренными — Молодцов, Молодкин, Молодяков — Молодухин стоит особняком. Все они образованы от мужских основ (Молодец, Молодка, Молодяк), а Молодухин — единственный, кто прямо отсылает к женщине. Это делает фамилию своеобразным маркером: предок носителя был известен в своей общине не по отцу, а по матери-молодухе, что для патриархальной деревни было заметным исключением.