Фамилия Молукова — женская форма фамилии Молуков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно он даёт ключ к происхождению. Молуков — это типичная русская фамилия с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «чей?» — Молуков, то есть потомок человека по прозвищу или имени Молук. Основа здесь — Молук, и это редкое слово, которое не встречается в современных словарях как самостоятельное имя или прозвище. Однако его можно связать с диалектным или старым русским корнем.

Наиболее правдоподобная версия — происхождение от прозвища Молук, которое образовано от глагола «молоть» или существительного «молот». В русских говорах «молук» могло означать человека, занятого помолом зерна, либо того, кто постоянно «мелет» — то есть болтает без умолку. Вторая версия — связь с тюркскими языками, где корень «мол» или «мул» может означать «имущество» или «скот», но для фамилии с русским суффиксальным оформлением это менее вероятно. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) подтверждают, что фамилии на -ов от односложных основ часто возникали из прозвищ по профессии или поведению.

Географически фамилия Молукова встречается редко, что говорит о её локальном происхождении. Возможно, предки носителей жили в северных или центральных регионах России, где сохранялись архаичные говоры. В отличие от массовых фамилий вроде Кузнецов или Иванов, Молукова не имеет однозначной привязки к известному роду или сословию — это скорее крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в небольшой общине. Сравните с однокоренными, но более распространёнными Молотков или Мельников — Молуков стоит особняком из-за нестандартной суффиксации.

Если же рассматривать женскую форму, то она не несёт самостоятельного значения, а лишь указывает на дочь или жену Молукова. В дореволюционной России такие фамилии часто фиксировались в церковных метриках, и по ним можно проследить, что основатель рода был известен под прозвищем, которое со временем закрепилось за семьёй. Спорных версий немного, и самая слабая — связь с именем Мол (краткая форма от Молчан или Молот), но она не объясняет окончание -ук, которое здесь выступает как диалектный суффикс, характерный для западнорусских или украинских говоров. В любом случае, фамилия Молукова — редкий пример, где форма сохранила следы живого народного словообразования, не стёртого стандартизацией.