Фамилия Монокин — один из тех редких случаев, когда прозвище превратилось в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную звуковую форму. В основе лежит прозвище Монока, которое, скорее всего, происходит от диалектного глагола «монокать» — издавать однообразный, монотонный звук, бормотать или говорить невнятно. Так могли прозвать человека с глуховатым голосом, ворчуна или того, кто говорил «себе под нос». В некоторых говорах «монока» означало также брюзгу или зануду.

Образование фамилии по модели «-ин» указывает на принадлежность: Монокин — сын Моноки. Это типичная русская патронимическая модель, характерная для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, такие формы чаще встречались в северных и центральных регионах России, а также в среде крестьянства и посадского люда.

Версия о связи с греческим словом «монос» (один) или с иноязычными корнями выглядит маловероятной. Фамилия не имеет признаков искусственного происхождения, а её основа — живое русское прозвище, которое фиксируется в документах XVII–XVIII веков, хотя и крайне редко. Встречаемость фамилии Монокин в современных базах данных невысока, что подтверждает её локальный характер: скорее всего, она возникла в одной или нескольких соседних деревнях.

Стоит отметить, что в фамилии сохранилась архаичная форма суффикса: ударение, вероятно, падает на второй слог (Монóкин), что отличает её от более массовых фамилий с безударным -ин. Это дополнительный признак её диалектного происхождения: прозвище Монока было не столько именем, сколько бытовой характеристикой, и фамилия не прошла через стандартную «литературную» обработку.