Фамилия Моргатова — женская форма от Моргатов, а та, в свою очередь, — отчество от прозвища или мирского имени Моргат. Основа здесь — глагол «моргать» в значении «мигать, щуриться, подмигивать». В русских говорах «моргат» (или «моргун») называли человека, который часто и быстро моргает, либо того, кто любит подмигивать, лукаво переглядываться. В старину такое прозвище могли дать хитрому, плутоватому или просто очень подвижному и живому человеку.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов- (в женском роде -ова) присоединился к основе «Моргат», где -ат — характерный для прозвищ суффикс, обозначающий носителя признака (сравните: бородат, горбат, носач). То есть Моргат — это «тот, кто моргает», а Моргатов — буквально «сын Моргата». Суффикс -ат в прозвищах встречается реже, чем -ач или -ун, что делает фамилию не самой частой, но вполне прозрачной по смыслу.

Географически фамилия Моргатов (и Моргатова) тяготеет к южнорусским и поволжским областям. Встречается в архивных записях XIX века по Тамбовской, Воронежской и Саратовской губерниям. В некоторых говорах «моргать» имело дополнительный оттенок — «смотреть искоса, недоверчиво», так что прозвище могло закрепиться за человеком с характерным взглядом, а не только за шутником.

В отличие от более распространенных однокоренных фамилий — Моргунов, Моргачёв, Моргаев — форма Моргатов сохранила редкую словообразовательную цепочку. Если Моргунов прямо от «моргун», то Моргатов от «моргат» — почти забытого слова, которое сегодня можно встретить разве что в диалектных словарях. Носительница фамилии Моргатова может быть уверена: её предок получил прозвище не за род занятий, а за характерную черту внешности или поведения, которую окружающие запомнили и передали в фамилии.