Фамилия Морготин — редкий пример, где исходное прозвище не лежит на поверхности, а требует небольшого лингвистического расследования. Самое правдоподобное объяснение отсылает к диалектному слову «морготать» — то есть моргать, щуриться или часто мигать. В некоторых говорах «морготливым» называли подслеповатого или рассеянного человека, который постоянно жмурится. Выходит, основа фамилии — прозвище Моргота, которое дали по заметной особенности: привычке щуриться, прищуру или просто неспокойному, бегающему взгляду.

Модель образования проста: к основе Моргот- прибавили русский патронимический суффикс -ин. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от существительных мужского рода на твёрдый согласный (Моргот → Морготов), суффикс -ин характерен для основ на -а/-я (Моргота → Морготин). Такая схема типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. Встречаются и варианты написания с одной «т» — Морготин, но исторически двойная «т» в суффиксе фамилии необязательна и могла возникнуть под влиянием книжного написания.

Есть и более редкая, но любопытная версия: связь с тюркским корнем «моргот» (в значении «подарок» или «милость»). Однако она слабее, так как в русской антропонимии фамилии с таким значением обычно оформлялись иначе, а для Морготина нет убедительных доказательств тюркского происхождения в источниках. Гораздо вероятнее, что фамилия — чисто славянская, прозвищная, и возникла в среде крестьян или посадских людей, у которых меткие прозвища по внешности или повадкам были обычным делом. В архивных записях фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её связь с севернорусскими говорами, где слово «морготать» было в ходу.