Фамилия Морготова — женская форма от Морготов, и её разговор напрямую упирается в мужское прозвище Моргот. В русской ономастике это редкий случай, когда основа фамилии почти буквально совпадает с именем тёмного персонажа из эпопеи Дж. Р. Р. Толкина «Сильмариллион» (Моргот — одно из имён павшего бога). Однако спешить с выводами о литературном происхождении не стоит: фамилия могла возникнуть задолго до публикации книги, в XVIII—XIX веках, когда крестьянам давали прозвища, а Толкина в России ещё не знали.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ов- (притяжательный, указывающий на принадлежность) плюс окончание -а для женского рода. Основа Моргот — скорее всего, диалектное или просторечное прозвище. В русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, «моргот» или «моргун» означало человека, который часто моргает, щурится или имеет привычку быстро закрывать глаза. Глагол «моргать» дал множество прозвищ: Моргай, Моргун, Моргот — последнее могло закрепиться за человеком с нервным тиком или просто за тем, кто «моргает без толку» (в переносном смысле — нерешительный, суетливый).

Вторая, менее вероятная, но возможная версия ведёт к тюркским корням. В некоторых тюркских языках «моргот» или «моргут» — это название растения или кустарника, а также может быть искажением личного имени (например, Мургут). Но для фамилии Морготова, которая встречается преимущественно в русскоязычной среде, славянская этимология через прозвище выглядит убедительнее.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, носители фамилии Морготовы (и Морготова) сосредоточены в основном в центральной России и в Поволжье — в частности, в Нижегородской, Кировской областях и в Республике Марий Эл. Это регионы, где активно бытовали прозвищные фамилии, образованные от глаголов, описывающих внешность или поведение. Сословно предки Морготовых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, так как фамилии с суффиксом -ов в этой среде закрепились массово после отмены крепостного права в 1861 году.

Однокоренных фамилий несколько: Моргунов (самая распространённая), Моргачёв, Моргаев, Морготкин. Морготова стоит особняком — из-за совпадения с толкиновским именем она может казаться искусственной или поздней, но на деле это обычная русская фамилия, просто с необычным звучанием. Если предок и получил прозвище Моргот за то, что часто моргал, то сегодняшние носители фамилии носят память о его характерной черте, а не о тёмном властелине.